Inizia la gavetta a diciott’anni fra quotidiani e tv locali e, dopo diversi anni da corrispondente per Il Tempo, Il Messaggero, Ansa e Metro, approda in Rai 1 grazie ad un’inchiesta da infiltrato nelle arene dei combattimenti clandestini fra Pitbull. Viene poi promosso ai programmi d’informazione della prima serata di Rai 2, per approdare nel 2005 in quella che diverrà la sua casa, Rai 3.

Nel 2008 entra nella redazione di Giovanni Minoli come inviato per “Crash” dove rimane per due stagioni (nel 2009 l’inchiesta sul crack finanziario della Ex Eutelia porta all’apertura di due fascicoli da parte di altrettante procure, all’arresto di 18 persone e a numerose condanne). Successivamente, nel 2009, approda alla redazione di “Report” con un’inchiesta sulle concessioni balneari sul litorale di Ostia, svelando per la prima volta cifre, guadagni, storture e abusi nella gestione del litorale.

Dopo alcune parentesi a La7, Sky e Mediaset (prima al TG5, poi a “Le Iene”) nel 2012 viene chiamato da Riccardo Iacona a “Presa Diretta”, dove rimane per 4 stagioni, vincendo nel 2013 il Premio Ilaria Alpi con l’inchiesta “Ladri di Calcio”. Insieme a Riccardo Iacona nello stesso periodo realizza anche il reportage “Utilizzatori Finali”, infiltrandosi tra i predatori sessuali in Thailandia.

Nell’estate del 2016 passa definitivamente a “Report”, dove resta fino al 2020. Nel 2017 viene scelto anche per guidare un altro programma storico di Rai 3, “Il Posto Giusto”, e nello stesso anno idea e conduce “Far Web”, format di inchieste sugli haters.
Nel 2018, anno in cui viene insignito del Premio Antonino Caponnetto per il valore delle sue inchieste sui legami tra mafie, imprenditoria e ultras, subisce un attentato incendiario alla sua abitazione ad Ostia Antica a seguito della messa in onda di “Una Signora Alleanza”, l’inchiesta che aveva svelato i legami tra la ‘ndrangheta, gli ultras e la dirigenza della Juventus.

Nel 2020 viene chiamato dall’allora Direttore di Rai 3 Franco Di Mare al timone di “Mi Manda RaiTre” con il compito di riscriverne il format, che Federico Ruffo stravolge trasformandolo in un programma d’inchiesta a tutti gli effetti: con ascolti quasi triplicati in poche stagioni, “Mi Manda RaiTre” è divenuto uno dei programmi d’inchiesta più apprezzati del panorama televisivo, il secondo più visto del servizio pubblico ed il terzo di tutta la Rai per share e indice di gradimento.

Vincitore del Premio Gaspare Barbiellini Amidei con l’inchiesta “Sopravvivere al Mestiere” e del Premio Sodalitas con “La Cura” (inchiesta per la quale si è prestato a fare da cavia umana per documentare la sperimentazione dei farmaci all’interno di una clinica svizzera), è stato quattro volte finalista al Premio Ilaria Alpi, che ha vinto nel 2013.

Sul fronte editoriale esordisce nel 2014 con Utilizzatori Finali scritto a quattro mani con Riccardo Iacona (Chiarelettere). L’anno successivo segna il suo esordio come saggista, con il romanzo-verità Gli Orologi del Diavolo (Rizzoli) che nel 2019 viene trasposto nell’omonima fiction in otto puntate per la prima serata di Rai 1, di cui è co-sceneggiatore. Nel 2024 pubblica Ingiustizia Sportiva (Mondadori) un libro-inchiesta in cui vengono sviscerati e stravolti gli esiti di oltre 40 anni di indagini e processi legati al calcio.

Ritenuto uno dei massimi esperti di rapporti tra mafia, tifo organizzato e imprenditoria, nel febbraio 2025 è stato nominato alla Presidenza dell’Osservatorio Antimafia del X Municipio di Roma-Ostia.